与传统的行帮组织和其他任何工商团体相比，商会的组织体系是最为完整的。商会的组织体系由内部组织系统和外部组织系统两个部分构成。

　　就内部组织系统而言，商会有严密而明确的组织领导体制。商会的最高权力机构是会员大会，因临时需要而举行的会员大会称为“特会”，按规定日期召开的会员大会称为“常会”或“年会”，一般每年举行一至两次。一切重大事务都须经会员大会讨论决定，如会费数额之增减、会中公款之动用、会中财产之买卖和抵押、会员之开除或辞退、会章之修汀、会董之选举，以及其他会长和会董（或称议董）难以决定之事。

　　会董会议是商会的最高日常领导机构，它由会董组成，由总理、协理(民国以后改称会长、副会长)领导，一般情况下每周议事一次，遇有重要事情随时开会讨论。会董会议有推举总理和协理、监察会务、筹议经费、讨论会章等权限。凡较为重大的事务均须由会董会议讨论决定，如对犯错误会董的处罚，对振兴实业计划的研定，对商务纠纷的裁定等。商会的日常事务则由会董分工负责，如上海商务总会的章程规定:设会计议董(相当于财务主管)2名，以监察会内收支各项款目为职责；设书记议董(相当于秘书长)2名，以监察会内往还电文、公牍、书札、收发条陈等事为职责；设庶务议董(相当于办公室主任)4名，以监察会内日常事务和对外接待等事为职责；设纠仪议董2名，以监察开会时会议室内规则为职责；设调查议董2名，以监察调查商业及调查各业入会情况，登记会员、会友为职责；设理案议董5名，以监理钱债纠葛、商务纠纷为职责；设中证议董2名，以监察各业商人的契券、合同并为之公证为职责。

　　总理和协理是商会的最高行政领导者，由会董会议在会董中选举产生。他们的职责是主持会务、筹集经费、稽核开支、裁定会章、秘密裁定各事、联络官府等。但他们只能按照章程的有关规定，以及会董会议和会员大会的决议行使职权，不能私自决定重大事务。

　　商会还聘用一些专职办事人员，分别负责处理具体事务。上海商务总会的职员有:坐办1人、理事1人、西方法律顾问1人、书记(即文秘)3人、缮校4人、翻译1人、司账2人(即会计)、庶务2人(即杂务)等。该会章程明确规定:会中办事人员，有行法之权，无司法和立法之权，只能按照总理、协理、议董、会员等所议决的办法执行。

　　由此可见，商会内部的组织体系，不仅有健全而正规的领导职务和办事机构设置，而且有完整的民主集中制度，这是传统的行会组织所无法比拟的，也充分体现了商会的现代组织特性。

　　就商会的外部组织系统而言，可以分为两种。第一种是同一省区内各商会之间的联系。当时，商会的组织形式分为商务总会、商务分会、商务分所(民国以后改称总商会、分会、分所)三级。总会没在各省省城和其他工商业大城市；分会设在各县县城和其他商务较为发达的城镇；分所设在总会或分会所在地区的其他商业小镇。工级之间的组织关系是，分所往往依附于总会或分会，分会除了由部颁章程明文规定为按省分别隶属于商务总会外，而且总是主动把自己所属地区的商务总会作为上级机关。分会和分所的印信要通过总会领取，遇有艰难之事往往请求总会帮助解决。在联络关系上，总会则处于全省商会联盟的领袖地位，如全省性的商会活动常常由它组织领寻；各级商会向省政府或中央政府提出的要求经常由它传递；省政府和中央政府有关商界的政策法令也通常由它传达；省与省之间的商会活动更由它联系。因此，在总会一分会一分所三者之间，形成了一种逐级控制体系和信息互传体系，使一个省区内的商会能够有事则合无事则分，灵活地开展各种活动，应付各种局面。但是，这种组织状况也说明，一个省区内商会的组织系统只是一种总会、分会、分所二级之间的纵向联络系统。同级商会之间，即总会与总会、分会与分会、分所与分所的横向联系，虽偶有发生，但没有经常的沟通渠道。尤其是商务总会，由于它是一个省区内最高一级的组织，既没有与别的总会发生经常联系的横向渠道，也没有再向上沟通的纵向渠道。这实质上是一种以各商务总会为首的以省区为单位的半封闭组织系统。这种状态，直到后来全国商会联合会成立以后，才有所改变。

　　第二种是商会与它的从属团体之间的联系。所谓从属团体，就是由商会发起创办，或由商会成员兼任领导，或由商会资助经费的团体，主要有商团和商学公会(或商学研究会)等。商团是由商会组织和领导的武装治安组织，它以青年商人或商家子弟为主要成员，由商会选派有名望的会董担任直接领导，由商会提供主要经费。如苏州商团由商务总会发起集款创办，第一任会长(团长)洪毓麟、副会长倪开鼎都是商会的议董；议事员尤先甲、杭祖良、彭福孙和蒋炳章等分别是商会的总理、议董和名誉会员。又如上海商团，初创时以商会总理为名誉会长，它的历届会长中，李平书是沪南商会会董；曾担任过上海商务总会第二届总理；苏本炎、王一亭、张嘉年、叶增铭均系上海商务总会的会董或会员。再如汉口商团，初建时由商会会员王琴南任会长，武昌起义时则直接由商会总理蔡辅卿、协理李紫云召集组织。商学公会或研究会与商会的关系，虽然不如商团那样密切，但也与商会有着一定的目的相共关系、业务联络关系和人员渗透关系。如杭州商学公会声称，它与商会宗旨相同，凡是本省和外省各城市的商会都应当联络。上海沪南商学公会则由商会直接发起。天津的北洋商学公会、直隶商业研究会、天津工商研究总会，都有不少商会成员参与其中。商会还与其他工商界团体有着各种程度不同的组织联系、业务关系和人员渗透关系，这里不一一列举。

　　商会的这种广泛的外部组织关系，是由作为商会成员的绅商的多重社会属性所决定的，他们往往集绅、学、工、商于一身，能以其各种身份参加各种社会活动和社会团体，从而也造成作为绅商大本营的商会与其他各种团体之间的互相联系和影响，使它们能够在一些大的社会活动中互相配合，形成声势浩大的社会运动。