智库建设，并不意味着所有研究机构和研究人员都要一窝蜂地转向应用研究。基础理论研究绝不能因为智库的发展而荒废，致力于基础理论研究的学者也不应被强迫转向应用研究。现在有不少研究人员对智库建设表现出抵触情绪，这与不合理的一窝蜂的智库建设以及研究机构负责人的“野蛮”政令是有关系的。对此，一方面，科研管理机构要做好统筹，使科研机构明确自己在新形势下的分工；另一方面，科研机构自身也要认清自己的特色和专长，在保持自己研究优势的基础上有的放矢地进行智库建设。
