我国农村污水处理设施建设主要依靠地方资金来源，中央在农村环境治理的资金投入主要在于引导地方资金。为了引导资金投入到农村环境治理，规定中央财政资金需要有地方配套资金。目前，中央、地方省级、地方村级、地方农业土地住建等其他部门投资共同组成农村环境治理投资资金。

　　推进方式也在不断出新。2008年-2009年，农村环境治理运营方式主要是“以奖促治”，即农村开展整治并达到效果后，中央会以资金进行奖励。

　　近年来，国家新增的“连片整治”运营方式逐步成为主流。从2010年开始，财政部、环保部等部门联合开展农村环境“连片整治”专项工作；2010-2013年，国家以“连片整治”为主，重点解决突出环境问题，并逐步摸索经验。从总结评估结果来看，试点省份基本达到预期效果。

　　同时，国家支持“连片整治”执行效果好、且具备相应财政实力的省份开展“拉网式全覆盖”运营方式。2013年，国家选择宁夏、江苏两省进行“拉网式全覆盖”试点工作，中央给予江苏4.5亿元、宁夏3.5亿元拨款。

　　社会参与型的第三方委托运营模式将在未来的“整体捆绑+BOT模式”项目类型中将获得发展。目前农村污水处理运营模式主要分为政府主导型和社会参与型两种，由于监管成本、治理能力、技术水平等制约因素，政府主导型运营模式在未来将逐年下降，而社会参与型运营模式在国家“连片整治”以及“拉网式全覆盖”等推进方式背景下，能够最大程度保证治理效果。

　　目前我国主要有“以奖促治”、“连片整治”以及“拉网式全覆盖”3条农村环境治理的资金投入渠道。

　　“以奖促治”方面，截至2013年，中央投入专项资金135亿元；“连片整治”方面，目前中央财政直接投入近170亿元，带动地方财政投入超过160亿元；“拉网式全覆盖”方面，宁夏、江苏、重庆3省份共获中央及省级资金60亿元左右。面对庞大市场需求，我国农村污水处理设施建设资金投入不足。

　　同时，运营权责主体模糊、运营监管不足、财政压力较大。在发达国家，政府、市场、个人在农村污水处理均承担相应责任；对个人用户而言，除承担小部分建设成本外，普遍要求承担运营费用。

　　我国农村污水处理管理及责任主体均较模糊。国家没有明确农村污水处理工作的管理及责任主体；地方管理体制差异很大，管理主体不明确，部门职责不清晰，造成开展农村污水处理的协调难度大，并容易造成各部门依托不同的项目和投资渠道，一哄而上重复建设造成浪费。

　　同时，农村污水处理日常运行和管理人员的知识及经验欠缺，无法保障设施的科学运行；尤其在净化槽、MBR等先进农村污水处理技术上，虽然处理效果较好，但对技术人员要求较高，我国农村的经济及科技水平难以适应。

　　就一般情况来看，农村污水处理设施建设资金由中央和地方共同投资，而项目建成后的运营资金主要由地方承担（县级+乡村级）。以农村居民人均生活污水量70升/人天、2012年农村人口数量64222万人数据基础为例，假设农村人口数量以2%速度递减，则2014年全国农村生活污水排放量约为4318万吨/天；以农村污水处理运营费用1元/吨计算，则2014年的管理维护成本可达158亿元；该项管理维护费用一般由县级和乡镇级政府承担（县级和乡镇级的承担比例普遍为1:1），这将对地方政府造成较大财政压力，从而影响其推动农村污水治理的积极性。

　　此外，我国尚不存在农村污水处理统一的国家技术标准，仅有《农村生活污染控制技术规范》行业标准；并且由于《城镇污水处理厂污染物排放标准》、《污水综合排放标准》等排放标准要求过高，考虑农村与城市在经济以及技术水平存在较大差距，大部分地区达不到城镇污水排放标准，否则将成为一项沉重的经济负担，因此亟待制定适合农村的生活污水排放标准。

　　我国农村人口多、行政单元数量大，由于其经济发展水平、供水排水条件、生活风俗习惯等方面的差异，导致不同地区农村生活污水污染状况不同。因此，农村生活污水排放标准的制定必须根据当地农村经济发展水平、污染物排放特征、环境影响评价、污染对象测算等因素，科学确定污染控制指标和排放限值，合理制定相关技术参数及测试指标的适宜性，不能照搬国外农村污水排放标准。